Природњачка збирка Народног музеја Крушевац званично је оформљена 1997, али прикупљање узорака датира од 1952, када је приспео први поклон, отисак буковог листа у бигру. До званичног формирања збирке прикупљено је тринаест примерака, набављених, углавном, путем поклона. Од тада се интензивније ради на употпуњавању збирке теренским радом, поклоном и откупом.

Велики утицај имале су изложбе организоване са сродним установама, које су подстакле како стручне организације, тако и појединце да поклонима или информацијама дају допринос и помоћ природњачком одељењу музеја.

Најзначајнији део поклоњених збирки представља збирка проф. др Јованке Митровић Петровић са Рударско-геолошког факултета Универзитета у Београду, која обухвата веома важну палеонтолошку збирку од 15 палеонтолошких примерака из различитих крајева света.